จักรภัทร วรรธนะสิน เป็นบุตรชายคนรองของเจตริน วรรธนะสิน และเก็จมณี วรรธนะสิน โดยมีพี่น้องร่วมมารดา 2 คนได้แก่ จินเจษฎ์ วรรธนะสิน ชื่อเล่น เจ้านาย และ จักร วรรธนะสิน ชื่อเล่น เจ้าสมุทร[2] ตามลำดับ มีพี่สาวต่างมารดาอีก 1 คน ได้แก่ จิดาริน ณ ลำเลียง[3] ชื่อเล่น เจด้า โดยที่เจ้าขุนนั้นนับถือศาสนาคริสต์นิกายโปรเตสแตนต์ปัจจุบันกำลังศึกษาในระดับมัธยมที่ Millfield School[4] เมือง Somerset ประเทศอังกฤษ